Eine weitere Möglichkeit für einen nur scheinbaren Performanceverlust kann sein, dass bei den Tests vor dem Update die Daten aus den Abfragecache kamen.
Der wurde in MySQL 8.0 entfernt, weil er in größeren Umgebungen (Galera, Replikation, Multicores) oder bei hoher Arbeitslast schlicht kontraproduktiv war.
Guter Punkt. Das könnte die Lösung sein. Wenn mit Cache gegen „ohne Query-Cache“ getestet wurde, kann Klaus ihm der Query-Cache tatsächlich einfach ein falsches Ergebnis geliefert haben, weil er vor der Messung im Altsystem kein „FLUSH QUERY CACHE“ gefeuert hat.
Möglicherweise willst Du die Datenbanken auf InnoDB umstellen.
Das dürfte in den meisten Fällen eine gute Idee sein. Einen Zusammenhang bzgl. Performance unter Laborbedingungen wage ich allerdings zu bezweifeln, weil dann ja vermutlich keine Locks in Betracht gezogen werden.