Hallo,
ich würde denken, dass PHP für eine solche Aufgabe die falsche Programmiersprache ist. Außerdem ist eine dynamische Datenstruktur, wie sie PHP für seine "Arrays" benutzt, Speicher- und Geschwindigkeitsfresser gleichermaßen.
Dafür wird vermutlich ein klassisches statisches Array die bessere Wahl sein. Für eine genauere Beurteilung müsste man aber etwas über die benötigten Datentypen wissen.
Nimm also z. B. C oder Pascal oder ähnliche machinennahe Hochsprachen für derartige Massenberechnungen.
Erzähle uns doch auch noch etwas mehr über die Art der Berechnungen. Ist die datensatzübergreifend, sodass Du die Zeilen alle gleichzeitig laden musst?
LG
Ralf