Frage: Gibt es eine Möglichkeit, mit Windows Dateien ins Home-Verzeichnis zu kopieren
Würde ich nicht machen. Statt dessen würde ich z.B. /mnt/C/Users/joerg/webseiten in das Linux mounten.
Dazu kannst und musst Du Folgendes anpassen (Ich habe gerade kein Windows zur Hand...)
cd
mkdir webseiten
echo "/mnt/C/Users/joerg/webseiten /${HOMEDIR}/webseiten none user,bind 0 0" | sudo tee /etc/fstab
mount "/${HOMEDIR}/webseiten"
Dann kannst Du künftig die Webseiten unter Windows bearbeiten(¹) und mit Linux einfacher(²)mit rsync syncronisieren.
¹) Wozu auch immer DAS gut sein soll.
²) eigentlich hält Dich nichts davon ab, /mnt/C/Users/joerg/webseiten direkt zu syncronisieren. Schreib Dir einfach ein Skriptchen nach /${HOMEDIR}/bin/ oder lege Dir einen Alias in /${HOMEDIR}/.bashrc an.