mysql_upgrade?

[Raketenwilli]

Aha.

mysql-common/oldstable,now 5.8+1.0.2 all [Installiert,automatisch]
mysql-server/oldstable,now 5.5.9999+default amd64 [installiert] 

In dem Fall ist wohl myisamchk das Werkzeug:

Literatur: https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/myisamchk.html

(Von den älteren Versionsnummern wird weitergeleitet.)

Es kann aber auch sein, dass sich ein moderner Client und die betagte Datenbank nicht mehr wirklich gut verstehen. So wie Enkel und echt alte Omas.

Der bessere Rat ist also:

1. Mach einen Dump und installiere eine modernere Version, lese den Dump ggf.(sic!) wieder ein.

2. („Und, ach“) Vergiss nicht, auch ein binäres Backup von /var/lib/mysql zu machen...)

3. Dein PHP braucht auch mal ein Update. (Ich weiß, das wird viel Arbeit machen...)

4. Du hast im ersten Posting „MySQL-Vers.=[10.1.37-MariaDB-0+deb9u1]“ angegeben. Ist das der Client? Warum erwartest Du, dass der mit mysql-server 5.5.9999 reibungslos zusammenarbeitet?