Vielen Dank für die hilfreichen Antworten.
Dadurch das ich die meine Scripte zusammengefasst habe und wo nötig absolute Pfade bzw. den Pfad mit $_SERVER['DOCUMENT_ROOT']
bestimme funktioniert es schon besser.
Es zeigt aber auch das dass auslagern von wiederkehrende Elemente in eigene Dateien sehr gut geplant werden muss.
Danke und Grüße