Ich kann nur meine Dateien hochladen (z.B. mit Filezilla). Dorthin habe ich sie jetzt in ein eigenes Verzeichnis geladen.

Und dann verließen sie ihn (mich).

Das ist dann die Stelle an der ich mich darüber wundere, dass Du Dich (und sodann uns) noch nicht darüber informiert hast, was das überhaupt für ein Webserver ist:

Massenhosting oder (virtueller) Server, Root-Server oder gemanagt? Apache, nginx, IIS? Linux, Windows oder BSD?

Du solltest Dir bewusst sein, dass beim Thema „Server“ eine steile Lernkurve gibt. Und ja, Du musst, wenn Du eine „größere Internetanwendung übernehmen, aktualisieren und erweitern“ willst durch die selbe auch durch. Und das dann auch noch unfallfrei.