Ich rate mal.

Du hast vergessen in Deiner Server-Konfiguration in der obersten Ebene (Document-Root) ein AllowOverride zu setzen?

DocumentRoot /var/www/html

<Directory "/var/www/html">
    Options None
    AllowOverride All
</Directory>

<Directory "/var/www/html/special">
    Require all granted
    Options +Indexes +ExecCGI
    AddHandler cgi-script .cgi
</Directory>