Das ist natürlich eine persönliche Sache, ich baue meine Seitenlayouts am liebsten mit PHP auf, da PHP serverseitig arbeitet und daher plattformunabhängig ist.

CSS ist ja nur eine Darstellungsweise, damit allein kann man kein Seitenlayout aufstellen. Höchstens man lädt anfangs die Homepage mit allen unterseiten in versteckte <div>s und blendet diese dann mit Pseudoklassen, wie zum Beispiel :hover ein. Halte ich für sehr fragwürdig. Hab ich auch noch nirgends gesehen ^^

Von Javascript wird dir hier nahezu jeder gleich abraten. Denn
1. ein Seitenlayout mit Javascript ist mehr oder weniger kompliziert im Vergleich zu anderen Methoden.
2. Javascript wird von unterschiedlichen Clients (Browsern) unterschiedlich interpretiert.
3. Manche Menschen haben Javascript ausgeschaltet, warum wissen sie meistens selber nicht :P

Ich empfehle dir daher PHP, das erfordert allerdings etwas auseinandersetzung. Sie dir dafür mal die Funktionen
include()
include_once()
require()
require_once()
an.
Oder Suche nach was Ähnlichem, wie eine Template-Engine für dein Seitenlayout.