Hiho!
Sehr gute Frage. Eine exakte Antwort ist schwierig, da dein Projekt nicht bekannt ist.
Schauen wir also mal warum Du dieses Problem (wahrscheinlich) hast:
Der IE (bis einschliesslich 7) hat auf Standards gepfiffen. Ob das merkwuerdige Arten der Auslegung des Boxmodells unter CSS waren oder die moeglichkeit in JS Elemente anzusprechen indem man eine ID benutzte obwohl diese Elemente keine hatten (Das Name Attribut hat gereicht). Eigenwillige Fehlerkorrektur spielt auch eine Rolle.
Der IE 8 hat hier endlich Fortschritte gemacht. Er beherrscht zwar bestimmte Dinge nicht ohne weiteres (Runde Ecken? Wasn das?) aber ist sonst schon recht nah an dem was als Standard gilt. Man hat normalerweise keine Probleme mit dem IE auch wenn Seiten dort oft anders aussehen. Es spielt aber ja keine rolle ob die Ecken nun rund sind oder ob der Hintergrund aus 4 Bildern besteht. Wenn man fuer den IE 8 schreibt (im richtigen Modus) dann wird die Seite in den meisten Faellen auch auf anderen Browsern korrekt dargestellt. Das ist eigenltich ein Zeichen dafuer dass in Zukunft, wenn ueberhaupt, nur kleinere Probleme auftauchen werden.
Die Antwort ist also sehr pauschal: Man kann fuer die Zukunft nur Vorsorgen, indem man sich an Standards haelt. Validatoren nutzen. Wenn ich hta richtig verstehe sind es mehr oder weniger normale HTML Seiten die lediglich die Endung .hta haben. Es gibt wohl auch einige Funktionen, die HTML nicht bietet.
Es sollte also kein groesseres Problem sein, Seiten zu entwickeln, durch Validatoren laufen zu lassen und dann mit der Endung .hta zu versehen. Wenn ich das richtig sehe, dann besorg dir einen IE 8 (auf einem 2. Rechner oder in einer VM) kopiere dein Projekt, mach HTML draus und freunde dich mit dem Debugger an. Dann solltest Du schnell auf den IE8 umsteigen und den IE6 nur noch fuer Testzwecke nutzen.
Falls das so funktioniert, solltest Du weiterhin zum Entwickeln eine Version nur fuer Dich haben und aus dieser dann jeweils die benoetigten hta Ressourcen fuer das Livesystem erstellen.
Ohne bestimmte Kenntnisse geht sowas nicht. Und mal eben so wohl auch nicht. Man muss aber auch nicht Anwendungsentwicklung studieren. Die Standrads muss man kennen oder nachschlagen. Leider wimmelts im Netz vor schlechten und veralteten Anleitungen. (Ganz neue Anleitungen helfen dir aber u.U. genauso wenig weiter, wie die Tipps von Gunnar, solange Du nur IE 6 - 8 nutzt)
So ein Projekt ist allerdings niemals wirklich fertig. Maximal 'fuer den Augenblick'. Es ist unumgaenglich immer ein Auge auf die Entwicklungen zu haben. Das Problem ist hier leider: Es lohnt nicht jemanden dafuer anzustellen. Es ist sauteuer das extern machen zu lassen. Also wird oft jemand internes genommen, der weiss, wie man eine Datei erstellt: "mach doch ma eben" Ahnt ja keiner, was an sowas alles dran haengt...
Welchen Grund hast Du eigentlich keine normale Webanwendung aus HTML Daten zu schreiben sondern hta zu benutzen? Scheint mir doch eher nachteilbehaftet zu sein.
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Signaturen sind blöd!