Dummerweise scheint der Browser keine Zeit zu finden, die Anzeige zu aktualisieren. Das div erscheint immer erst nachdem schon die Sortierung gelaufen ist.
Workaround ist nun eine 50ms-Verzögerung.

Dafür gibt es requestAnimationFrame. setTimeout geht als Fallback natürlich.

var requestAnimationFrame = window.requestAnimationFrame || window.mozRequestAnimationFrame || window.webkitRequestAnimationFrame || window.msRequestAnimationFrame || window.setTimeout;  
  
requestAnimationFrame(fn, 50);

Mathias