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Ich kann Dir leider bei Deinem Problem nicht direkt helfen, aber sieh Dir doch mal das Skript FileMan unter http://www.gossamer-threads.com/scripts/fileman an.
Es handelt sich dabei um ein cgi-Skript, mit dem man über ein WWW-Interface die Dateien eines Servers manipulieren/verwalten kann.
Vielleicht kannst anhand des Source-Codes eine Antwort auf Dein Problem finden.