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Wie kann ich auf meinem Server (Apache) ein CGI Programm jeden Tag zu einer bestimmten Zeit (z.B. Mitternacht) starten lassen?
Gar nicht. "CGI" und "automatisch" widerspricht einander.
CGI ist auch keine Programmiersprache. Meinst Du vielleicht Perl oder irgendwas in der Richtung?
Die Antwort auf Deine Frage ist außerdem anhängig von der Plattform Deines Servers. (Falls UNIX: crontab.)