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Hallo Jan,
so ganz steige ich nicht durch Dein Programm, bin auch schon zu müde; aber unter Perlfaq4 "How can I extract just the unique elements of an array?" müsstest Du finden, was Du brauchst.
Ich selbst habe diesen Algorithmus für das Unifzieren mit Zählen von den Häufigkeiten der jeweiligen Elemente umgebastelt. Geht prima. Wichtig ist zu überlegen, was mit dem ersten und dem letzten Element passiert. Ggf. musst Du am Ende ein Dummy-Element einfügen, je nach Aufgabe.
Ich hoffe, das hilft Dir ein wenig,
Petra