Das geht, wenn auch etwas kompliziert:
Das Perl-Skript skript.pl erzeugt normalerweise einfach eine Frameset-Definion:
<frameset ...>
<frame src="skript.pl?frame=eins" ...>
<frame src="skript.pl?frame=zwei" ...>
</frameset>
Ich mache es lieber mit drei verschiedenen Perl-Skripts: Eines generiert nur den Frameset mit den beiden Frames, und dieses aktiviert dann ja die beiden anderen Skripte.
Warum alles in ein Skript zwängen und dann mühsam per Parameter wieder unterscheiden?