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Sollte sich nicht negativ auswirken, denn die Seite wird ja beim Aufruf vorher vom Server ergänzt, so dass im Quelltext wieder der normale Code steht.
Eine andere Möglichkeit wäre wohl eine externe Javascript-Datei, die beim Aufruf den Quelltext mit document.write wieder in die Seite einfügt. Das aber hat erhebliche Nachteile, denn bei Browsern mit deaktiviertem Javascript...
Der einzige Vorteil wäre die Verwendung von Variablen, um z.B. spezielle Inhalte der Meta-Tags erst beim Aufruf festzulegen.
Wenn aber der Inhalt der Meta-Tags eh' immer gleich ist, dann ist SSI die klar bessere Lösung.
Gruss,
Björn