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Bei einem ähnlichen Problem hatte ich im ersten Fenster einen 'hidden frame', also einen 0pixel breiten, in den ich alle Funktionalität packte. Willst Du aus einem anderen Frame heraus das neue Fenster öffnen, so erfolgt dies über eine Funktion im hidden frame. Der ist dann der opener und bleibt dies auch, weil Du ja nicht eine ganze neue Seite im öffnenden Fenster öffnest, sondern nur im sichtbaren Bereich, und der hidden frame bleibt immer bestehen, somit auch die Beziehung der beiden Fenster.
Ich hoffe das hat ein bisschen geholfen, zumindest ein Denkansatz für Dich.
Liebe gRüße, Til.