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Moin,
wenn es dir reicht, die Bilder _nur_ durch (beliebig viele) Längs bzw. Querschnitte zu trennen, dann empfehle ich dir das freewaretool dicer http://www.ziplink.net/~shoestring/dicer01.htm oder auf der Seite http://www.ideenreich.com/dr-sof2.shtml. Hast du ein Bild getrennt, rufst du einfach das nächste auf und verwendest den "grid" des ersten Bildes auch für das zweite. Geniales kleines tool, dass nebenbei auch noch eine HTML-Tabelle erzeugt, die das Bild wieder zusammensetzt.
Swen