Hallo Chris!
Mal 'ne extrem blöde Frage: in welcher Sprache sind denn Deine cgi-Scripts geschrieben? Wenn sie zum Beispiel in Perl geschrieben sind, brauchst Du zusätzlich zum Webserver noch einen Perl-Interpreter (für Windows: ActivePerl http://www.activeState.com/Products/ActivePerl/Download.html.
Ich hoffe, daß dies Dir weiterhilft.
Viele Grüße
Carsten