Hallo Stefan,
kann es sein, dass beide Applets irgendwelche Klassen mit gleichem Namen, aber verschiedener Implementierung verwenden ? Der IE lädt die Klassen nur einmal pro Sitzung. Erst mit Neustart des Browser wird das Applet aktualisiert (Refrash und Refrash + F5 nützen nichts).
Eine Lösung könnte sein, wenn Du die Applets in ein JAR Archiv steckst. Jar.exe ist als Kommandozeilentool beim JDK dabei, es packt alles .class Files in ein Archiv, was Du dann zusätzlich im Applet noch mit dem Attribut archieve="XYZ.jar" angeben musst.
Gruss
Marko