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Nachtrag, habs ausprobiert, Flash drängt sich in der Vordergrund, da ist so nichts zu machen...
http://www.flaimo.com/sonstiges/css_test/index_flash.htm
mit dem IE unter Windows is es möglich. du musst bei den einstellungen für's veröffentlichen "transparenter hintergrund" einstellen. wenn du php oder eine andere serverseitige scriptsprache zur verfügung hast könntest du eine browser/plattform abfrage einbauen die den flash film nur unter IE/WIN zeigt.