oke...
So wie ich das verstehe willst du eine Seite haben die sich über den Bildschirm erstreckt aber so das die Windowsleiste und die Titelleiste zu sehen sind.
du weist einfach Breite (vom Fenster) den wert screen.width zu
und der Höhe screen.availHeight zu.
das ganze sieht dann so aus
var breite = screen.width;
var hoehe = screen.availHeight;
var newwin;
newwin = window.open("hauptseite.html", "Herzlich_Willkommen", "width="+breite+",height="+hoehe+",top=0,left=0");
um das Flash in die Mitte der Seite zu bekommen musst du einen Table verwenden bei dem du die Werte für width und height wiederum per JavaScript dynamisch anpasst.
mfg
DMIII