Moin Moin !
Ich hab noch einen anderen Verdacht: Windows-Betriebssystem + CGI-Verzeichnis unterhalb des DocumentRoot statt getrennt vom DocumentRoot.
Bei /cgi-bin/ greift der ScriptAlias, bei /CGI-BIN/ eben nicht. Windows findet dann aber trotzdem ein Verzeichnis, und zufällig ( ;-) ) eben auch die Script-Dateien.
Ist schon scheiße, wenn das System nicht zwischen 65 und 97 unterscheinden kann. ;-)
Alexander