Hallihallo!
Na, dann fällt mir nur noch was ziemlich umständliches ein:
Wie Du sagtest, tritt dieses Problem nur im IE auf, und zwar dann, wenn die Scrollbars angeklickt werden.
Dann könnte man zum Beispiel einfach bei onblur eine Funktion aufrufen, die überprüft, ob sich die Scrollposition des Dokuments ändert.
(http://selfhtml.teamone.de/javascript/objekte/window.htm#page_y_offset)
Ändert sie sich nicht, wird das Fenster geschlossen. (Meinetwegen könnte man zur Sicherheit auch noch einen setTimeout einbauen, nur um ganz sicher zu gehen...)
In der Hoffnung, daß diese Idee etwas taugt,
Viele liebe Grüße,
Der Dicki