Hallihallo!
Ich weiß nicht, ob das der Fehler ist, den Du beobachtest, aber Du schliesst Dein einleitendes <tr> nicht (will sagen: die spitze Klammer fehlt...)
<table>
<script language="JavaScript" type="text/javascript">
z_tr=0;
z_td=0;
while(z_tr!=3)
{
document.write("<tr");
^^^^^^
while(z_td!=3)
{
z_td++;
document.write("<td>"+z_td+"</td>");
}
document.write("</tr>");
z_tr++;
}
</script>
</table>