Hi...
In PHP kannst Du die Variable ganz einfach mitschicken, indem Du sie an den Dateiaufruf anhängst
datei.php?var1=irgendwas
Musst dir das komplette Teil nur vorher schon zusammensetzen, evtl als String in Deinem JavaScript-Aufruf.
Mit JavaScript könntest Du auf die Variable zugreifen mit
opener.variablenname (also vom Pop-Up aus).
Gruss,
Skrymer