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Hallo,
an ER-Diagrammen habe ich kein Interesse, eher an Physischen Datenbank Modellen. Bei so machtvollen Tools wie z.B. Sybase PowerDesigner kann man im Prinzip ALLES machen - Indizes einfügen ist noch eine der leichtesten Übungen. Allerdings habe ich leider die 995$ nicht, um mir das Ding zu leisten ;-)
Naja, ein kleines, aber für Dich vielleicht hilfreiches Werkzeug wäre eventuell das Database Design Tool http://janssens.dhs.org/software/. ist zwar für Profis nicht das wahre, aber wer weiß. (Außerdem gibts da auch noch den Source dazu;-))
Grüße
Klaus