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Es geht auch einfacher:
wenn die html-datei immer aus diesem pfad heraus eingebunden wird, solltest du "codebase=..." anpassen, weil beim inkludieren der code der einzubindenden datei an die stelle des include-befehl tritt, ergo: die pfade stimmen nicht mehr überein (weil ja die hauptdatei mit php-code ein paar ebenen weiter oben angesiedelt ist (root nehme ich mal an)).
falls die datei mit deinem applet auch von anderso erreichbar ist (z.b. einbindung in anderer datei auf anderer ebene/domain) solltest du die "codebase=..."-Angabe sowieso absolut gestalten (codebase="http://pfad.zum/applet/code/")
bye