Hallo Philipp,
erstens: <a name="section1" id="section1" />
ist tatsächlich nicht erlaubt - <a name="section1" id="section1"></a> dagegen schon.
Dein Problem hängt aber mit einem Bug im IE zusammen - tatsächlich springt er solche leeren Anker _manchmal_ nicht an. Ich hatte mal eine Folge von etwa 15 solcher Anker, von denen 10 angesprungen wurden und 5 nicht. Der Workaround war: irgendwas in den Anker rein tun - bei mir war das ein 2x2 Pixel großes Leer-GIF.
Grüße,
Utz