hallo susanne,
ich weiß nicht, ob sich extra sicherheitslücken ergeben, wenn daten von einem unix- auf einen windows-server übertragen werden; ftp ist an sich nicht sicher, weil meines wissens alle daten im klartext übertragen werden; es gibt alternativen: etwa secure ftp; ein gutes programm (windows) ist winscp; genaueres findest du unter http://ce.uml.edu/sftp.htm ...
mfg
mamue