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Hallo Steffen,
ich entnehme deinem Kontext, dass die *.bat auf dem Host ausgeführt werden soll. Das scheint also kein LINUX zu sein, sondern DOS/Windows.
Richtig bis hierher?
In PHP gibt es die Funktion exec(). Dumüsstest eine shell (command.con) ausführen lassen mit dem Schalter /c und den Namen der batch als Parameter übergeben. Der Schalter /c ist dafür gut, dass die Shell nach Abarbeitung der Batch wieder geschlossen wird.
In Perl gibts da ganz bestimmt auch was, kenn ich mich aber (noch) nicht aus...
Grüße
Tom