Hallo Christian,
lass mich raten: Das "Problem", das du beschreibst, erlebst du mit dem M$IE? Der hat nämlich ein gewisses Maß an Pseudo-Intelligenz und richtet sich in einigen Fällen eher nach dem Dateiinhalt als nach der Extension oder gar dem MIME-Typ.
_Dagegen_ ist leider kein Kraut gewachsen - es sei denn, du kannst clientseitige Lösungen durchsetzen, z.B. die Web-Integration des Acrobat Reader abwählen (die lästigerweise nach der Installation immer aktiviert ist).
Ansonsten wirst du mit dem Problem leben müssen...
Gruß,
Martin