Welche Fenster sind vorhanden?

[wahsaga]

Die Funktion "open" liefert das Objekt des geöffneten Fensters zurück
und speichere das Objekt in eine Variable - nach deinem Geschmack - ab.

Wie speichere ich dies in ein Objekt?

var Objektname = window.open(...);

Objektname ist dann deine variable, die auf das popup zeigt, und mit der du auf dieses zugreifen kannst.