Korrekt die aktuelle Variante von mysql_query kann imemr nur eine Anweisunge ausführen. Mit der neuen mysqli-Extensionen und MySQL 4.1 wird sich das ändern.
Du müßtest also derzeit tatsächlich eine Art SQL-Parser bauen. phpMyAdmin enthält so etwas - dort kannst du ja mal ein wenig im Quellcode schmökern.
Regards
Thomas