Ganz kurz, weil ich jetzt keine Zeit habe:
Ja, auch die PHP-Files müssen ausführbar sein, denn sie sollen ja ausgeführt werden.
Ja, das mußt du einzeln für die Files einstellen. Nur das Verzeichnis reicht nicht.
Und: Das Ausführrecht auf einem Verzeichnis bedeutet, daß man da rein wechseln darf