Dein img-Tag hat kein id-Attribut. Versuchs mal so:
var scan = new Array();
scan[0] = new Image(); scan[0].src = "scanner.gif";
scan[1] = new Image(); scan[1].src = "scanner_ein.gif";
var i = 0;
function bildwechsel_scan() {
if(i > 1) i = 0;
document.getElementById("scanner").src = scan[i].src;
i++;
window.setTimeout("bildwechsel_scan()",2000);
}
<body onload="bildwechsel_scan()">
<img src="scanner.gif" hspace="250" border="0" alt="BDE - Scannung" id="scanner">
Zur erklärung: i = i + 1 kann man auch als i++ abkürzen
Peter