Wenn ich diese nun aber weiterverarbeiten will habe ich noch den Zeilenumbruch (nicht Sichtbar) am Ende der Datei hängen. Wie kann ich denn das entfernen?
Du möchtest eine Zeichenkette (Englisch: string) bearbeiten. Schau doch einfach mal in die PHP-Anleitung, Kapitel "String-Funktionen" (http://www.php.net/manual/de/ref.strings.php). Da wirst Du unter anderem über drei Funktionen stolpern, die Leerzeichen an den Enden entfernen (auch \r, \n und einige andere gelten häufig als Leerzeichen).
Gruß,
soenk.e