Im prinzip ganz einfach.
Dem Popup Fenster gibst Du die URL des CGI Scrptes, mt den Parametern.... , sowie du Sie haben möchstest. z.B: .../myperl.cgi?Parameter1=fisrstparamerter
usw.
Ich hoffe mal ich konnte dir damit helfen.
PS Mit Java Script musst du dann, sofern du das haben willst aus dem Popupfenster die berechneten werte ins Mutter fenster schieben.