Du kannst den aktuellen Serverpfad doch ermitteln lassen via php im dann eine varibale zuordnen. da weißt du dann wo das php-script liegt welches den include befehl ausführen und kannst somit über schleifen oder sonst was die varibale so verändern dass du den richtigen pfad in die include befehl einfügen kannst
ich hoffe ich hab dein problem überhaupt richtig verstanden...