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Die Frag ist gleich beantwortet.
Eine Datenbank mehrere Tabellen.
Wenn Du nicht grad wirklich viele Einträge hast und nicht wirklich viel an Datenaufkommen hast lohnt es sich nicht wegen ein paar tabellen mehrere Instanzen von mysql laufen zu lassen.
Jede Instanz verbraucht 1. Speicher und 2. Prozessorleistung.
Und was Du da so verbrauchst langt für viele Benutzer und Abfragen.
2. Keinen Full Tabel Scan
3. Spalten auf die Du oft einen Select machst indizieren.
4. Wenn Du die rechte richtig vergibst und eventuell die Benutzerdaten auch in Tabellen speicherst etc. brauchst Du dir keine Sorgen machen, dass die Datenbank zwecks Zugriffrechte durcheinander kommt.
Benutzerrechte musst Du so oder so im PHP prüfen.
Du generierst doch sicher auch ein Sessionid oder ähnliches.
Gruss Matze