Hallo Chris,
wenn du keine Style-Sheets verwenden darfst (wer schreibt so etwas eigentlich vor? ;-), also auch keine Print-Layouts verwenden kannst, wird das kaum möglich sein, weil HTML nicht auf die Optimierung zum Drucken ausgelegt ist. Du könntest höchstens "abschätzen", wie viel auf eine Seite passt und dann die Fußnote an der entsprechenden Stelle positionieren. Das geht aber mit Sicherheit schief, weil du ja nicht einmal weißt, in welchem Papierformat bzw. welcher Papierorientierung die Seiten ausgedruckt werden.
Statt dessen könntest du die Fußnote aber mit Tabellen (die scheinen ja "erlaubt" zu sein) am Seitenrand positionieren. Dann musst du aber sicher gehen, dass die Fußnote nicht abgeschnitten wird (also entweder mit relativen Breitenangaben für die Spalten arbeiten oder gar keine Spaltenbreiten angeben). Dann ist das zwar keine richtige "Fußnote" mehr, aber vielleicht eine "Handnote" ;-)
Viel Erfolg,
Robert