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Hallo Manu,
ich habe erst kürzlich ein Projekt mit 'ner mySQL-Datenbank unter einem apache-Webserver gehabt. Ehrlich gesagt, habe ich mich nicht sonderlich dafür interessiert, wie die Daten zwischen Server und Datenbank ausgetauscht werden. Ich weiß auch nicht, ob diese Frage so überhaupt gestellt werden kann?
Für die Installation von mySQL war der Server eher zweitrangig. Mit der Datenbank kommunizierst du am einfachsten über z.B. phpMyAdmin. Damit gehst du also dann über den Browser und somit über das Protokoll HTTP. Darüber solltest du reichlich im Internet finden. Habe leider keine gute Adresse für dich parat.
Da du die mySQL Datenbank zumeist für Internetinhalte brauchst, wird das also im Betrieb auch über HTTP gehen. Wie aber das Zusammenspiel zwischen Server und Datenbank funktioniert, weiß ich leider nicht.