PHP_Dude: ZIP-Datei nach Upload auf dem Server entpacken!

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Vielleicht solltest du es mit dem Kommandozeilenprogramm wzzip versuchen.

Ich selbst verwende es auch zum packen und entpacken von mehreren Dateien.
Bsp.:
exec('c:\programme\winzip\wzzip -a -ex ARCHIV.zip DATEIEN.*');