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vielleich statt base target mal "target='Mainframe'" als Attribut in die NavigationsLinks setzten. Ist zwar zwei Sekunden mehr Arbeit, funzt dann aber höchstwahrscheinlich.
Problem ist aber auf jeden Fall, dass der IE "Mainframe" nicht als einen Frame anerkennt, da zum Beispiel auch target="nur_blödes_zeug" in einem neuen fenster geöffnet wird.
Vielleicht habe ich geholfen, falls ja -> :=)
Malte