Hallo!
Also, ein kurzer Input, wie es meiner Meinung nach funktionieren könnte. Du lässt das mit dem header weg. Dann machst du auf deinem Popup einen Link, wo man die Datei downloaden kann. Im Link machst du dann noch einen onclick="window.close();". Damit wird dir dann der Download gestartet und das Fenster geschlossen.
Gruss