Nochmals hallo!
Wenn du jetzt aber doch bei dem popup, das du öffnest, einen link auf ein neues fenster öffnest, gleichzeitig das erste popup per onclick="window.close()" schliesst und dann kannst du ja im neu geöffneten php script deinen datenbank-eintrag machen und anschliessend eine header-weiterleitung, dann passiert folgendes: das 2 fenster schliesst sich von selbst, das es sich ja in einen download "umwandelt". das erste fenster hast du schon mit dem window.close() geschlossen.
also so: <a href="download.php" target="_blank" onclick="window.close();">
alles klar? :-)
gruss aus der schweiz