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Das ist meiner Meinung nach auch einer der Entscheidenden Vorteil... man macht dinge "zu Fuß", wie Du sagst, und hat daher die Möglichkeit absolut konkrete spezialanwendungen zu Programmieren.
Auch der Zugriff auf die Shell ist extrem Cremig. Hier kann ich quasi ein Betriebssystem via Perl mittels Web Browser soweit fern administrieren.
Find' ich Sinnig, das man mal den ein oder anderen Prozess starten bzw. killen kann, und shell ausgaben auf die Datenbank oder ein File umleiten kann.
mfG