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Allem Anschein wähnst Du Dein Skript im falschen Verzeichnis.
Das haut schon hin, wenn ich nämlich die datei header.php mit einem link in das verzeichnis lege gehts ( also kanns nicht an rechten ort oder sonstigem liegen.
Dann wäre interessant, was passiert, wenn die Datei in einem tieferliegenden Verzeichnis liegt, der Zugriff also nicht "../datei" ist, sondern "verzeichnis/datei". Du solltest ebenfalls prüfen, ob das auch bei anderen Skripten passiert oder nur bei diesem einen (schreibe dazu ein ganz neues).
Wie und WO kann ich das ändern ?
In der php.ini.
????????????
phpinfo(), innerhalb der ersten zwei, drei Blöcke ist der Ort angegeben, an dem sich diese Datei befindet. Dort suchst Du nach
Warning: main(): Failed opening '../header.php' for inclusion (include_path='.:/usr/share/php')
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Der Punkt ganz am Anfang (=aktuelles Verzeichnis) hätte eigentlich dafür sorgen sollen, daß relative Pfade funktionieren. Siehe http://www.php.net/manual/de/configuration.directives.php#ini.include-path.