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Kurz und knapp:
file() liest den Quelltext ein und parst keien Variablen und führt keinen Code aus. Wenn du das tun willst musst du durch das file-Array durchgehen und jede Zeile mit exec ausführen. Aber ob das dann sinnvoll ist...
Ähm, was mich eh wundert ist, dass du index.php mit file() einliest. Was soll das bringen?
Ratlos,
Michael H.