for (my $i=0;$i<@input;$i++) {
Du programmierst noch nicht lange in Perl?
In Perl kann man ein Array einfach mit foreach durchlaufen.
foreach my $string(@input)
my $string=$input[$i];
$string=~/^(\w*)\s{4,}([\w|-]*)$/;my $ident=$1;
my $seq=$2;
ist eigentlich überflüssig hier noch Variabeln zzu erzeugen oder?
und natürlich muss man immer prüfen ob das funktioniert hat was man machen wollte.
die "Fehler im Datensatz $string" if !defined $1 || !defined $2;
$alignment{$1} .= $2 if defined $alignment{$1};
$alignment{$1} = $2 unless $alignment{$1};
Struppi.