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Das mit den beiden Platten ist kein Problem, das habe ich früher schon öfter so gemacht. Linux ist es völlig egal, auf welchem physikalischen Medium deine Daten liegen, sie werden alle in einen logischen Verzeichnisbaum integriert. In einer Konfigurationsdatei namens fstab steht dann, wo das System sie tatsächlich findet. Du wirst im installierten Linux-System keinen Unterschied feststellen. In Windows auch nicht, da es einfach blind ist für die anderen Platten und Partitionen.
Wenn du die Platten eingebaut hast, installierst du am Besten zuerst Windows auf die erste Platte (das ist wichtig, weil Windows nur so bootet). Dann installierst du SuSE hinterher, und wählst im YaST-Setup deine Platten aus. Die Windows-Platte sollte automatisch erkannt und eingebunden werden. Leider kannst du dein /home nicht gleich mit auf die Windows-Platte legen, weil weder NTFS noch FAT dafür erlaubt sind (der Datensicherheit wegen, wahrscheinlich). Du kannst aber ohne Probleme deine Daten auf die Windows-Platte schreiben, wenn du sie von beiden Systemen lesen können willst. Evtl. musst du noch die fstab editieren, um als normaler User Schreibrechte auf die Windowsplatte zu bekommen.
Im SuSE-Installationshandbuch findest du übrigens dazu mehr. Für kurze Fragen ist die SuSE-Hotline übrigens auch sehr nützlich (was die fstab angeht, z.B.)
Ich habe Parallelinstallationen von Win98 bzw. XP und SuSE 9.0 mehrfach erfolgreich getestet, und YaST konfiguriert das eigentlich sehr komfortabel und automatisch.